IFMSA-Spain es una entidad (Federación) de carácter no gubernamental y sin filiación política que se basa en una estructura Federal, con Asociaciones de ámbito local (Comités Locales) en cada una de las facultades de medicina en que está presente (19 con Comités Locales establecidos y 2 en las que tenemos contactos y trabajan en ello). Está gestionada exclusivamente por estudiantes de medicina que se encargan de desarrollar las diferentes actividades.

A nivel nacional, el órgano supremo de decisión es la Asamblea Nacional, que se reúne con carácter anual en el mes de Octubre. En esta asamblea se revisan las acciones llevadas a cabo durante el ejercicio anterior, se renuevan los cargos electos de la Junta Directiva, se aprueban los presupuestos para el año siguiente y se llevan a cabo numerosos actividades relacionadas con los grupos de trabajo arriba expuestos que permiten revisar las acciones llevadas a cabo el año anterior y elaborar un plan de acción para el siguiente.

En este encuentro, el más importante para el funcionamiento interno de la federación nacional, los estudiantes implicados reciben además:

• Seminarios: habilidades (comunicación, trabajo en equipo, búsqueda de subvenciones, funcionamiento Interno, habilidades directivas, presentaciones en publico..)
• Talleres/ Mesas Redondas: Salud Global, Convergencia europea, necesidades formación de los estudiantes de medicina, Ética Médica..
• Invitados especiales: Cargos oficiales de IFMSA, compañeros de otras organizaciones con las que IFMSA-Spain coopera (Consejo Estatal de Estudiantes de Medicina, Asociación de Estudiantes de Ciencias de la Salud, Asociaciones Internacionales y Homólogos extranjeros,...)
• Conocemos a los estudiantes de toda España trabajando por un mismo fin: Salud para todos

Durante el año, el trabajo de IFMSA-Spain es supervisado y coordinado por la Junta Directiva Nacional, que consta de Presidente, Vicepresidente, Secretario, Tesorero y siete Coordinadores Nacionales (uno por cada Comité Permanente). Estos cargos son electos mediante un sistema de votación secreta (un voto por facultad) tras la presentación de candidaturas.

Como parte fundamental del trabajo en la asociación, la Junta Directiva debe asistir al menos a dos reuniones internacionales al año, que se celebran en los meses de Marzo y Agosto. A estas reuniones acuden unos 700 estudiantes de todos los países miembros de la IFMSA, representantes de numerosas instituciones (UNESCO, Médicos del Mundo, ONU, WFME, OMS...) y se concentra el trabajo durante una semana.